微生物和水垢的滋生會影響冷卻水系統設備的熱交換效率，導致管線腐蝕和能源浪費。冷卻水加藥處理的目的是防止管線和設備的腐蝕、結垢以及微生物（細菌、真菌、黴菌、藻類）的形成，以提高系統運作效率，降低水電支出，並延長設備的使用壽命。